Hjertebarnsfondens formål er at indsamle midler og uddele dem til støtte for Hjerteforeningens arbejde med børn og unge, i samarbejde med Hjerteforeningen og i overensstemmelse med Hjerteforeningens overordnede formål, ifølge § 2 i Hjerteforeningens vedtægter:
 
Hjerteforeningens formål er:

• at støtte videnskabelig forskning i hjerte- og kredsløbssygdomme, deres årsager, forebyggelse og behandling
• at forebygge hjerte- og kredsløbssygdomme gennem oplysning og sundhedspædagogiske aktiviteter
• at støtte patienter med hjerte- og kredsløbssygdomme og deres pårørende gennem bl.a. rådgivning og information
• at varetage fælles interesser for hjerte- og kredsløbspatienter og arbejde for bedre forebyggelse og behandling gennem sundhedspolitiske initiativer, information mv.
• at repræsentere Danmark i internationale organisationer med lignende formål 

Hvert år fødes 5-600 børn med hjertefejl, som er den hyppigste misdannelse blandt nyfødte danske børn. Mange børn risikerer desuden at udvikle hjertekarsygdomme senere i livet.
 

Hjertebarnsfonden blev stiftet af Hjerteforeningen i 2004 som Hjerteforeningens børnefond. I 2006 fik fonden sit nuværende navn og blev etableret som en selvstændig enhed med egen bestyrelse.